杭州依云寺在寺廟規劃設計及后期的建設中，首先是繼承佛教建筑的諸多長處，突出時代特色，實現智能化、實用化、多功能化，建筑風貌達到與山與樹和諧，實行房讓樹，保護樹為原則，成為樹包寺院的一大建筑特色。整個寺院在規劃中注重環境綠化設計，力求使整個寺院花木蔥綠，生機盎然，整潔安全、清凈莊嚴、彰顯人與眾生和諧美景，為香客、游客提供了舒適、清靜的活動環境。